А состояние епархии было ужасным. Когда Владыка Лука прибыл в ссылку в Красноярск в 1940 году, начальник районного НКВД заявил ему: "Во всей Сибири мы не оставили ни одной церкви". Это почти соответствовало действительности, так как к тому времени только в Новосибирске осталась незакрытой одна кладбищенская церковь. В начале марта 1943 года после усиленных хлопот святитель добился открытия маленькой кладбищенской церкви в слободе Николаевка, предместье Красноярска. Из города до этой церкви пять-семь километров, осенью и зимой дорога трудна и опасна, так как в Николаевке было много грабителей. Поэтому ко всенощной приходило мало богомольцев, и за год Владыка служил всенощную только два раза в большие праздники и вечерние службы Страстной седмицы, а перед обычными воскресными службами вычитывал всенощную дома, в госпитале, при шуме, доносившемся из концертного зала, расположенного недалеко от дома святителя. Только в последнее время за ним стали присылать лошадь, запряженную в розвальни, а почти год он ходил в церковь пешком и так переутомлялся, что в понедельник даже не мог работать в госпитале. Начинал свое служение в Красноярске Владыка с единственным в городе священником - протоиереем Захаровым. Он оказался нерадивым пастырем, и вскоре его пришлось запретить в священнослужении и представить доклад в Синод о снятии с него сана. Через три месяца после открытия церкви Бог послал второго священника, Николая Попова, смиренного и доброго пастыря, а за два-три месяца до отъезда из Красноярска Владыка Лука назначил настоятелем церкви Петра Ушакова, с помощью которого удалось обнови состав церковного совета, председателем которого он и стал. При постоянном давлении властей на Церковь, когда уполномоченные по делам религии и НКВД ставили во главе церковных советов своих агентов, это было смелым поступком со стороны правящего архиерея. Но Владыка оставался верен своему призванию и всеми силами старался навести порядок в епархии. Запрещенный протоиерей Захаров вместе с сообщниками, которые расхищали церковные средства, усиленно добивались открытия Покровского собора, расположенного в центре города. Получив эту церковь, они надеялись пригласить туда обновленческого архиерея. Владыка сумел прекратить их раскольническую деятельность.

 

Из многих сел, районных центров и городов на имя архиерея поступали прошения об открытии церквей. Владыка направлял их в соответствующие органы, но оттуда приходил один и тот же ответ: "Ходатайства посланы в Москву, и по получении ответов вам будет сообщено". Это известный бюрократический прием, позволяющий благополучно замять любое дело. И действительно, ответов на запросы епархия не получала. Мало того, в некоторых городах и районных центрах представителей общин, подававших ходатайства об открытии церквей, встречали запугиванием и угрозами.

 

Таким образом, вся Восточная Сибирь от Красноярска до Тихого океана не подавала никаких признаков церковной жизни. По наблюдениям архипастыря и отзывам сибирских священников народ в Сибири, особенно Восточной, был малорелигиозен. К концу 1943 года во всей епархии действовала одна-единственная крошечная церковь в Николаевке. И архиепископ Лyка понимал, что если не открыть храмы в различных местах Красноярского Края, то возможно полное духовное одичание народа. Стремление к Богу, несмотря ни на что, сохранялось, особенно среди пришлых украинцев, резко отличавшихся от коренных сибиряков своей религиозностью. Но духовный голод в их среде привел к тому, что богослужение и Таинства совершали миряне, даже женщины. Кроме того, много бродило по епархии всяких самозванцев, выдававших себя за священников, а то и просто мошенников, эксплуатировавших религиозность народа. Таким тяжелым было положение Красноярской епархии, да и только ли в ней?..

 

8 сентября 1943 года в Москве состоялся Поместный Собор, на котором Патриарший Местоблюститель митрополит Сергий был избран Патриархом. Среди участников торжеств был и архиепископ Лука. В списке из девятнадцати иерархов, членов Собора, он значится четвертым. На этом же Coбoре красноярского архиерея избрали постоянным членом Священного Синода. Кстати, еще до созыва Собора между Владыкой Лукой и Патриаршим Местоблюстителем завязалась обширная переписка по основным вопросам современной жизни. Некоторые из писем митрополита Сергия можно было назвать небольшими богословскими трактатами.

 

Владыка Лука, как человек долга, не терпел разгильдяйства и нерадивости. Он мог выгнать из операционной хирурга, уронившего на пол скальпель, также строго поступал он и с недостойными пастырями. Митрополит Сергий своих письмах смягчает жесткий ригоризм Владыки, увещевая его проявлять больше снисхождения к согрешающим членам Церкви. Архиепископ Лука ссылается на четкие и конкретные канонические правила, но соглашается митрополитом Сергием, что "должную линию поведения в отношении отлучения надо искать где-то посредине". Владыка Лука проникся глубоким почтением к выдающемуся архипастырю. Во время предсмертной болезни Патриарха Сергия он неоднократно слал телеграммы в Чистый переулок справляясь о его здоровье.

 

В 1943 году, в самый разгар войны, к многочисленным хирургическим операциям, которые проводил профессор-архиерей, спасая раненых солдат, добавилась еще обязанность участвовать в работе Синода. Владыка чувствует, что он физически не успевает справляться с возросшей нагрузкой. Он пишет Патриарху Сергию прошение, в котором излагает проблему. Дело в том, что заседания Синода проходят ежемесячно, а на дорогу из Красноярска в Москву, учитывая военное время, уходит три недели. А в госпиталях его ждут раненые. Владыка смиренно просит перенести его участие в заседаниях Синода на более поздний, по возможности летний срок. Патриарх Сергий, принимая во внимание исключительную занятость Владыки, освобождает его от присутствия на заседаниях .

 

Напряженная работа архиепископа Луки в красноярских госпиталях давала блестящие научные результаты. В конце 1943 года опубликовано второе издание "Очерков гнойной хирургии", переработанное и значительно дополненное, а в 1944 году вышла книга "Поздние резекции инфицированных огнестрельных ранений суставов". За эти два труда ему была присуждена Сталинская премия I степени. Из двухсот тысяч рублей этой премии сто тридцать тысяч Владыка перечислил в помощь детям, пострадавшим в войне. Книги получили прекрасные отзывы коллег. В частности, академик И.А. Кассирский писал, что эти труды будут перечитываться и через пятьдесят лет. Слава об архиепископе-хирурге растет, о нем уже пишут в США, специальный корреспондент ТАСС приезжает для того, чтобы сделать фотоснимки и взять интервью. По просьбе профессора С.С. Юдина скульптор лепит его бюст. Два местных художника пишут портрет Владыки.

 

В 1944 году, вслед за победоносным наступлением наших войск, эвакогоспитали переехали в Тамбов. Владыка Лука был назначен хирургом-консультантом. Его ожидало широкое поле деятельности в госпиталях и областной больнице. Молодые врачи, работавшие под началом опытного профессора, получили немало ценных советов и наставлений. В феврале 1944 года Войно-Ясенецкий развернул научно-практическую работу, результаты которой изложены в монографии "О течении хронической эмпиемы и хондратах". Насыщенность и обширность хирургической работы была колоссальной. Шестидесятисемилетний Владыка работал по восемь-девять часов в сутки и делал четыре-пять операций ежедневно! Все это сказалось на и без того подорванном в ссылках и тюрьмах здоровье. В письме к Н.П. Пузину, знакомому по красноярской ссылке, ставшему впоследствии хранителем музея Л.Н. Толстого в Ясной Поляне, он с грустью сообщал громадности нагрузки, о крайней усталости и неврозах.